O jogo gira em torno de Solid Snake, um agente da unidade de forças especiais FOXHOUND, que faz uma missão solo de infiltração no estado fortificado de Outer Heaven para destruir "Metal Gear", um tanque bípede capaz de lançar mísseis nucleares de qualquer lugar do mundo, bem como resgatar um número de agentes companheiros que foram capturados pelo inimigo.